ノートブック形式で書かれたコードをプロジェクト型に変換

python初心者です。よろしくお願いします。

質問

Jupyter Notebook で書かれたpythonコードに書かれた内容をモジュール(.py)として保存しディレクトリ構造を持ったプロジェクトを構築したい
（この取り組みは一般的か？ということが知りたいです）

具体的な話

以下の記事を読みながらVAEの実装を再現しようと思ったところ、実装コードがGoogle Colabだったため、各ブロックのコードを.pyファイルとして保存し、main.pyからimportするような形式で動かそうと試みていますがところどころでひっかかってしまってうまくいきません。
今回の質問では、このような「ノートブック形式で書かれたコードをプロジェクト型に変換する」取り組みが一般的であるかについて伺いたいです。
PyTorchによるVAE実装

このような取り組みについて調べたのですが記事が出てこなかったため、参考になるページなどがあったら教えていただきたいです。
そもそもこのような作業がお門違いの取り組みであるならその旨を教えていただけると幸いです。