Linuxで開発しているGitのリポジトリをWindowsにcloneできない

概要

普段Linuxで開発しているGitのリポジトリをWindowsにcloneできない。

実現したいこと

Windowsで Git clone できない問題の理由を知りたい。

発生している問題・エラーメッセージ

Windowsで下記のリポジトリをクローンします。

git clone https://github.com/kojix2/ruby-htslib

すると、次のようなメッセージが出て、クローンできません。（Linux上では正常に終了します）

Cloning into 'ruby-htslib'... remote: Enumerating objects: 16140, done. remote: Counting objects: 100% (338/338), done. remote: Compressing objects: 100% (118/118), done. remote: Total 16140 (delta 276), reused 265 (delta 220), pack-reused 15802 Receiving objects: 100% (16140/16140), 1.95 MiB | 15.03 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (13267/13267), done. error: invalid path 'lib/hts/bam/aux.rb' fatal: unable to checkout working tree warning: Clone succeeded, but checkout failed. You can inspect what was checked out with 'git status' and retry with 'git restore --source=HEAD :/'

該当のソースコード

git clone https://github.com/kojix2/ruby-htslib

試したこと

こちらのサイト Windows版Gitのerror: invalid pathを解決する を参考にして、

git config --global core.protectNTFS false

とするとクローンできることがわかりました。どうやら、NTFSで問題を起こすファイルが含まれているらしく、lib/hts/bam/aux.rb がそうらしいです。

実際に、Windows10のマシンでは、該当のファイルを削除しようとしてもできないというトラブルが発生しましたので、追試される際にはご注意ください（Windows11では大丈夫でした）このように、Windowsのファイルシステムに不具合を起こすファイルが混入してしまったようですが、aux.rb は単なるテキストファイルです。何が悪いのか見当がつかないという状況です。

Windowsのトラブルに詳しい方いらっしゃいましたら、よろしくお願いします。