404ページのバリエーションと使い分け方

この手のものは「サービスの仕様」なので、「絶対唯一の正しい」は存在しません。
それこそ十人十色の仕様があるのでしょう。

作った人しか知らないことなので、こればかりは無関係の他人がどのような意見を言っても「私見」以上にはなりません。
単純に「404とだしたくない」だけかもしれないし、ユーザ名など任意でつけられるものがURIパラメータとなる場合、その瞬間だけたまたま存在しなかっただけで、1秒後には取得されているかもしれないので、「現状はない」と伝えているだけかもしれません。

要は「出した内容によってユーザに何を伝えたいか」で決めることになります。
そこは「リクエスト」に対する「レスポンス」の部分で、サービスの要件によって都度考えて決めていきましょう。
また、悪意あるユーザへの対応とか、異常系設計にも含まれると思います。

実際にURIに該当するファイルがそこにあるわけではなく、ルーティングなどによってリクエストを受け付けている場合（PHPなら.htaccessによってindex.phpに全てのリクエストを集めていたり）、
余程特殊なURLを打たない限り、サーバ側のレスポンスは実質NOT FOUNDではない状態となるので、そこからどうするかということになりますが、
やはりサービスの要件によります。