clearメソッドの挙動がわからないです

トップレベルの変数を使用せず、ループの中で変数を宣言すれば、各行で新しく値を設定し直せると思います（clearは使用する必要がないようにも思います）。

例えば、以下のようなロジックだとどうでしょうか？

python

1rows = []2for i in range(1,10):3 row = []4 for j in range(1,10):5 row.append(i*j)6 rows.append(row)7print(rows)

$ python3 test.py [[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], [2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18], [3, 6, 9, 12, 15, 18, 21, 24, 27], [4, 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36], [5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45], [6, 12, 18, 24, 30, 36, 42, 48, 54], [7, 14, 21, 28, 35, 42, 49, 56, 63], [8, 16, 24, 32, 40, 48, 56, 64, 72], [9, 18, 27, 36, 45, 54, 63, 72, 81]]