特定のディレクトリを除き、ドットで始まる全てにアクセス制限

実現したいこと

Let's EncryptによるSSL証明書の発行の為、.well-knownディレクトリだけ許可して、それ以外のドットで始まる全てのファイル、ディレクトリにはアクセス制限を行いたいです。

前提

下記内容をhttpd.confに追記する事で、ドットで始まる全てのファイル・ディレクトリへのアクセス制限は出来ました。

httpd.conf

1RedirectMatch 403 /\.

ただし、上記の設定だとLet's Encryptによる認証チェックが行えません。
（※HTTP-01 チャレンジを辞めてDNS-01 チャレンジにするとかは出来ません）

httpd.confか.htaccessで解決するにはどの様な方法がありますでしょうか。お知恵をおかし下さい。