実現したいこと
pythonで化学分子の部分構造検索で、置換位置を指定したい。
前提
rdkitなどのメジャーなライブラリを使い、マイナーであったり有料であるものは使わない。
該当のソースコード
Python
1from rdkit import Chem 2 3query_mol = Chem.MolFromSmiles("[H]C1=CC([H])=CC([H])=C1[H]")4mol = Chem.MolFromSmiles("C12=CC=CC=C1C=CC=C2")5print(mol.HasSubstructMatch(query_mol))
例えば水素を明示することで、上記はマッチしない(False)ようになってほしい。
試したこと
上記のコードで試してもマッチしてしまいます。
他の方法をググっても方法を見つけられませんでした。
rdkitでは不可能ではないかと考えています。

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