実現したいこと
ファイル名が長くて、処理が面倒くさいので、名前を短くしたいのですが、うまくできません。
前提
1_CCC.FCC7E_L512.r1.fastq
2_CCC.FCC7D_L513.r1.fastq
このようなファイルが200個くらいたくさんあり、
1_CCC.FCC7E_L512.r1.fastq
一括でFCC7E_L512を削除した名前を変更(CCC以下からr1前までを削除)して、new_namesというファイルに移行させたいです。
→1_CCC.r1.fastq
発生している問題・エラーメッセージ
エラーメッセージ
該当のソースコード
bash
1mkdir new_names 2for fq in *fastq;3do4 new_id=$(echo $fq | sed 's/_S[A-Z]; s/.r1.fastq//)←ここをどう処理すればよいか分かりません。 5 cp $fq new_names/$new_id6done
試したこと
上記のように試しましたが、4行目をどのように処理すればいいか分かりません。
ご教授いただけませんでしょうか?
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
ここにより詳細な情報を記載してください。
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