サブドメインに別ベンダから取得したipアドレスを使用する際のネームサーバ設定の問題点

vps環境においてネームサーバは一般的に、

・サーバ(global ip)を借りているベンダのもの
・レジストラ(ムームードメイン等)のもの

どちらかを使用すると思います。
そして、ウェブではベンダのものを使用することを推奨する記事を見つけ、それ以来ベンダのもを利用するようにして運用しています。

ですが、サブドメインを取得し、それをルートドメインとは別のipアドレスに対応させた場合、
その別ipアドレスがルートドメインのipを提供するベンダと同一であればよいのですが、
もし、"別ベンダ"からサブドメイン用のアドレスを取得して別々のインスタンスで運用する場合、

example

aaa.tk => 188.88.88.8 (ベンダA提供) sub.aaa.tk => 199.99.99.9 (ベンダB提供)

上の場合、例えばムームードメインではネームサーバは上から選択されていくため、
もしベンダAのネームサーバを最上部に指定していた場合、sub.aaa.tkの場合もベンダAのネームサーバへ流されることになり、当然ベンダＡでは管理していないため、エラーとなるように思います。

この場合の解決策としては、やはりレジストラ(ムームードメイン)のネームサーバを使用するということ以外にはないのでしょうか?