qsubで投入したジョブで得られるファイルが作成できない

前提

Githubのepi2me_labsから提供されているwf-human-svのワークフローをグリッドエンジンを用いて実行しようとしています。
公式サイトでは直接コマンド入力をしていますが、グリッドエンジンでは別のスクリプトを書かなければならないため、今回はシェルスクリプトを使ってソースコードを作成しました。
その結果、出力として作成されるはずのVCFファイル、BAMファイル、HTMLレポートドキュメントが作成できません。(作成できたのはexecutionディレクトリのみ)

実現したいこと

• 出力ファイルを作成できるようにしたい

発生している問題・エラーメッセージ

次のトピックのソースコードをqsubコマンドでジョブ投入しました。
ジョブが投入され、ジョブが完了していることも確認しました。
しかし、出力先のディレクトリを覗くと、executionディレクトリのみしか表示されません。

該当のソースコード

#$ -S /bin/sh #$ -cwd #$ -N wf-isoform_test #$ -pe OpenMP 48 #$ -q all.q #$ -o /aaa/bbb/ccc/nf_error #$ -e /aaa/bbb/ccc/nf_error #$ -V export NXF_HOME=`pwd`/.nextflow export NXF_TMP=`pwd`/nxf_tmp OUTPUT=demo_result nextflow run . \ -w demo_workspace \ -profile conda \ --fastq demo_data/*.fastq.gz \ --reference demo_data/chr20_human_g1k_v37_part.fasta.gz \ --target_bedfile demo_data/target.bed \ --tr_bedfile demo_data/human_hs37d5.trf.bed \ --out_dir ${OUTPUT}

試したこと

qsubコマンドの-eオプションを使ってデバッグも行いましたが、エラーは出力されませんでした。

ファイルの位置なども全て確認しましたが、間違いはありませんでした。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

conda version:conda 4.12.0
N E X T F L O W
version 22.04.3 build 5703
Python 3.9.12