実現したいこと
cacheへのアクセスが拒否されている?現状を克服したい
前提
プログラミングかなりの初心者です。
Pythonでバイオインフォマティクスの解析を進めようとしております。
必要なモジュール等をインストールし、データを読み込もうとした段階で下記のエラーがでます。
発生している問題・エラーメッセージ
PermissionError: [WinError 5] アクセスが拒否されました。: 'cache'
該当のソースコード
Python
import scanpy
import numpy as np
import pandas as pd
import scanpy as sc
sc.settings.verbosity = 3 # verbosity: errors (0), warnings (1), info (2), hints (3)
sc.logging.print_versions()
anndata 0.8.0
scanpy 1.9.1
PIL 9.4.0
beta_ufunc NA
binom_ufunc NA
colorama 0.4.6
cycler 0.10.0
cython_runtime NA
dateutil 2.8.2
h5py 3.7.0
joblib 1.2.0
kiwisolver 1.4.4
llvmlite 0.39.1
matplotlib 3.5.3
mpl_toolkits NA
natsort 8.2.0
nbinom_ufunc NA
nt NA
numba 0.56.4
numpy 1.21.6
packaging 23.0
pandas 1.1.5
pyparsing 3.0.9
pytz 2022.7.1
scipy 1.7.3
session_info 1.0.0
six 1.16.0
sklearn 1.0.2
threadpoolctl 3.1.0
typing_extensions NA
zipp NA
Python 3.7.0 (v3.7.0:1bf9cc5093, Jun 27 2018, 04:59:51) [MSC v.1914 64 bit (AMD64)]
Windows-10-10.0.19041-SP0
Session information updated at 2023-01-30 15:34
results_file = (r"C:\Users\XXXX")
adata1 = sc.read_10x_mtx(
... (r"F:\XXXXXX"),
... var_names='gene_symbols',
... cache=True)
... writing an h5ad cache file to speedup reading next time
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 4, in <module>
File "C:\Users\XXXXX\AppData\Roaming\Python\Python37\site-packages\scanpy\readwrite.py", line 496, in read_10x_mtx
prefix=prefix,
File "C:\Users\XXXXX\AppData\Roaming\Python\Python37\site-packages\scanpy\readwrite.py", line 557, in _read_v3_10x_mtx
cache_compression=cache_compression,
File "C:\Users\XXXXX\AppData\Roaming\Python\Python37\site-packages\scanpy\readwrite.py", line 122, in read
**kwargs,
File "C:\Users\XXXXX\AppData\Roaming\Python\Python37\site-packages\scanpy\readwrite.py", line 775, in _read
path_cache.parent.mkdir(parents=True)
File "C:\Program Files\Python37\lib\pathlib.py", line 1230, in mkdir
self._accessor.mkdir(self, mode)
PermissionError: [WinError 5] アクセスが拒否されました。: 'cache'
試したこと
moduleのアンインストール>再インストール
pipアップグレード
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
scanpy (single-cell RNAの発現量データを解析するためのツール)
https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/
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