実現したいこと
Juicerを使ってHi-Cデータを取り扱いたい
前提
プログラミング初心者です。
Juicerを利用してHi-Cのコンタクトマップを作ろうとしています。
インストールは完了し、現在はgithubで配布されているテストデータのMiSeq GM12878 in-situ ファイルを使っています。
実行したところ、alignmentは成功したようなのですが、その後のscripts/common/chimeric_sam.awkの実行でエラーが発生してしまったようです。
発生している問題・エラーメッセージ
(-: Align of /usr/myJuicerDir/work/splits/HIC003_S2_L001_001.fastq.sam done successfully awk: syntax error at source line 164 source file /usr/myJuicerDir/scripts/common/chimeric_sam.awk context is >>> chromosomes[$1][ <<< i-2]=$i; awk: illegal statement at source line 164 source file /usr/myJuicerDir/scripts/common/chimeric_sam.awk [W::hts_set_opt] Cannot change block size for this format samtools sort: failed to read header from "-" ***! Failure during chimera handling of /usr/myJuicerDir/work/splits/HIC003_S2_L001_001.fastq
試したこと
awk, gawk, GNU Coreutilsのインストールの確認
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
M1 Macを使用しています
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