Windowにでるユーザー名とパスワードを入力するブックマークレットを作成したいです

HTMLじゃないので、ブックマークレットでは扱えないと思います。
ブラウザーアドインを作成すれば可能かも知れません。

Basic認証に限定すれば下記の方法もあります。Digest認証も可能かも知れません（未確認）。

案1：URLで指定することも可能です。
https://user:pass@www.exmple.com

案2：ダイアログを一旦キャンセルして、401エラーになった状態で次のブックマークレットを実行。裏で認証を通してしまう。Chromeでは確認しました。

JavaScript

1javascript:(function(){let x=new XMLHttpRequest();x.open("GET",location.href,false,"user","pass");x.send(null);location.reload()})()

その後リロードするので、openの引数の非同期はfalseです。