Python 拡張機能付きのアプリを作りたいです。

オーバーライドして動作を変更する方式にしたい

ということは、プラグインとのインターフェースは規定されていて、プラグインで実装されてオーバーライドされた関数を呼びだす仕様にするということだと思います。 なので、

ユーザーが拡張機能を作成して、pluginsフォルダーに入れれば動くという仕組み

このように、ファイルの中身を使えるようにしたいのであれば、そのファイルをimportする方法があります。
動的にimportするには、importlibが使えます。
事前にPATHなどを適切に設定してやる必要はあります。